Časné fungicidy byly anorganické sloučeniny, mezi nimiž se dodnes používá sirný prášek a měděné přípravky (viz směs Bordeaux). V roce 1914 I. Reem z Německa poprvé použil organické sloučeniny rtuti ke kontrole sněti pšenice, což znamenalo začátek vývoje organických fungicidů.
V roce 1934 WH Tisdale a další ve Spojených státech objevili baktericidní vlastnosti dimethyldithiokarbamátu. Od té doby se organické fungicidy začaly rychle vyvíjet. Existují tři hlavní řady organických sirných fungicidů vyvinutých ve 40. a 50. letech 20. století: thirams, dysony (jako jsou zinkové dysony) a trichlormethylthiodimethylkarboximidy. Kromě toho byly vyvinuty také organické chlor, organická rtuť a organické arsenové fungicidy. Většina z těchto fungicidů jsou ochranná činidla a mají omezení v aplikaci.
Od 60. let 20. století se objevilo více chemických typů fungicidů a nejdůležitějším pokrokem je nástup systémových fungicidů.
V roce 1965 Japonsko vyvinulo organofosforový fungicid Daobenjing. V roce 1966 Spojené státy vyvinuly wisterin. V roce 1967 vyvinuly Spojené státy benomyl. V roce 1969 Japonsko vyvinulo thiofanát. Tricyklazol byl vyvinut ve Spojených státech v roce 1977, metalaxyl byl vyvinut ve Švýcarsku a triethylfosfát hlinitý byl vyvinut ve Francii v roce 1978. Systémová činidla reprezentovaná výše uvedenými se stala hlavním proudem vývoje fungicidů od 70. let 20. století. Současně se rychle rozvíjela zemědělská antibiotika. Organická rtuť, organický arsen a některé organické chlorové fungicidy jsou postupně vyřazovány kvůli toxicitě nebo znečištění životního prostředí. Nová generace systémových látek dále rozšířila trh s fungicidy díky jejich zlepšeným kontrolním účinkům. Do 80. let 20. století existovalo více než 200 odrůd fungicidů. Podle průzkumu v roce 1985 dosáhl prodej fungicidů ve světě 2,54 miliardy amerických dolarů, což představuje 18,4 procenta z celkového prodeje pesticidů.
V roce 1984 představoval prodej systémových látek v fungicidech 44,2 procenta a nesystémových látek 55,8 procenta. Vývoj fungicidů se již téměř půl století soustředí především na prostředky pro prevenci a léčbu houbových onemocnění, zatímco výzkum a vývoj prostředků pro prevenci a léčbu onemocnění způsobených bakteriemi a viry je stále nedostatečný. Od 50. let 20. století Čína vyvíjela především ochranné fungicidy. Od 70. let 20. století začala vyvíjet systémové fungicidy a zemědělská antibiotika a přestala používat organická rtuťová činidla. Protože aplikační technologie fungicidů je poměrně komplikovaná, rychlost vývoje není tak rychlá jako u insekticidů. Ochranný účinek fungicidů na zemědělskou produkci si však zemědělci stále více uvědomují. S modernizací čínského zemědělství se vývoj fungicidů nevyhnutelně zrychlí.